（二）对不属于研发活动的项目进行了加计扣除

（三）核定征收企业和非居民企业进行了加计扣除

（四）对作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，进行了加计扣除或摊销

财政性资金，如果作为不征税收入处理，根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。根据《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第97号）规定，企业取得作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，不得计算加计扣除或摊销。

（五）未准确把握研发活动的结束时点

一般情况下，当企业研发产品达到批量生产条件（或商品化后），则研发阶段结束，其后费用不得纳入加计扣除范围。

（六）企业研发费用各项目的实际发生额归集不准确、分配不准确、汇总额计算不准确

1.研发费用的归集口径有多种，会计口径、高新技术口径一般大于加计扣除口径，能享受研发费用加计扣除的范围应小于在其他口径下归集的研发费用支出。会计核算口径由企业根据自身生产经营自行判断，对应属于研发活动支出外，没有过多的限制。高新技术企业认定口径主要是为了判断企业研发投入强度、科技实力是否达到高新技术企业标准。但是加计扣除税收规定口径对允许扣除的研发费用的范围采取的是正列举方式，对没有列举的项目，不可以享受加计扣除优惠。

2.将职工福利费、职工工会经费、职工教育经费，或者将没有直接实质性参与研发的行政管理人员、财务人员和后勤人员的费用归集进了直接人工费用。

3.直接从事研发活动的人员、外聘研发人员同时从事非研发活动的，未采用合理方法在研发费用和生产经营费用间分配。

4.用于研发活动的仪器、设备、无形资产，同时用于非研发活动的，企业应对仪器设备及无形资产使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用、摊销按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。

5.将办公费、招待费、交通费（指除记入差旅费外的本地交通费）、通讯费、工会经费、职工教育经费归集到其他相关费用加计扣除。

6.归集折旧费用、无形资产摊销费用时，未按照税前扣除的固定资产折旧部分、无形资产摊销金额计算加计扣除。

7.以经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备，同时用于非研发活动的，发生的租赁费、折旧费未按合理方法进行分配。

8.企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，加计扣除时，未在销售当年以对应的材料费用发生额冲减当年的研发费用；对当年研发费用不足冲减的，未结转以后年度继续冲减。

9.取得研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，在计算确认收入当年的加计扣除研发费用时，未从已归集研发费用中扣减该特殊收入。

10.企业集团需要集团成员分摊研究开发费的，未提供集中研究开发项目的协议或合同，协议或合同未明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。

11.开展多项研发活动的，未按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用。

12.其他相关费用的加计扣除金额超过了可加计扣除研发费用总额的10%。

13.已计入无形资产但不属于财税〔2015〕119号中允许加计扣除研发费用范围的，企业摊销时不得计算加计扣除。

（七）对涉及委托外部研发、合作研发的，应签订委托研发、合作研发合同，并经科技行政主管部门登记

（八）委托研发加计扣除不符合规定

1.委托境内个人研发的，未取得个人出具的发票等合法有效凭证。

2.委托境内单位研发的，未按照费用实际发生额的80%作为加计扣除基数。

3.对委托境外个人进行的研发活动，进行了加计扣除。

4.委托境外单位研发的，可加计扣除金额计算不准确。

委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用三分之二的部分，可以按规定在企业所得税前加计扣除。

5.对研发费用支出明细情况涵盖的费用范围理解错误。

研发费用支出明细情况应为受托方实际发生的费用情况。比如，A企业2017年委托其B关联企业研发，假设该研发符合研发费用加计扣除的相关条件。A企业支付给B企业100万元。B企业实际发生费用90万元（其中按可加计扣除口径归集的费用为85万元），利润10万元。2017年，A企业可加计扣除的金额为100×80%×50%=40万元，B企业应向A企业提供实际发生费用90万元的明细情况。

6.委托研发未按规定到科技行政主管部门进行登记。

委托境内研究开发项目的合同，由受托方到科技行政主管部门登记。委托境外进行技术开发的合同，由委托方到科技行政主管部门进行登记。

（九）研发支出没有立项

《企业所得税优惠政策事项办理办法》（国家税务总局公告2018年第 23号）规定，享受研发费加计扣除优惠主要留存备查资料包括自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件，因此，没有立项的研发支出不能享受研发费加计扣除优惠。

（十）未按规定留存相关资料备查

根据《企业所得税优惠政策事项办理办法》（国家税务总局公告2018年第23号）规定，企业享受优惠事项采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式。研发费加计扣除主要留存备查资料有以下几种：

1.自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；

2.自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；

3.经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同；

4.从事研发活动的人员（包括外聘人员）和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明（包括工作使用情况记录及费用分配计算证据材料）；

5.集中研发项目研发费决算表、集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等资料；

6.“研发支出”辅助账及汇总表；

企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查。

其中委托境外研发的，根据《财政部 税务总局 科技部关于企业委托境外研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2018〕64号）规定，新增了以下留存备查资料：

（1）委托境外研发银行支付凭证和受托方开具的收款凭据；

（2）当年委托研发项目的进展情况等资料。